魏晋南北朝把秦汉以来的三公九卿变为三省六部制。()

观察题干，均是政府的运行制度，应按时间先后顺序排序。
①“内阁制”是建立于明朝永乐帝朱棣时期的皇帝的非法定的咨政机构；②“军机处”是清朝中后期的中枢权力机关；③“中外朝制”是汉承秦制；④“三省六部制”初创于隋朝，完善于唐朝；⑤秦朝的中央行政机关实行“三公九卿制”。因此，按时间先后顺序应为⑤③④①②。
因此，选择B选项。

解析：汉朝在行政中枢机构的设置上实行三公九卿制；三国两晋南北朝实行九品中正制的选官制度；隋唐实行三省六部制；明清时期在行政中枢机构的设置上采取皇帝隶属六部的内阁制。